其基本治疗原则如下：

年龄超过40岁，或是家族中有卵巢疾病、大肠疾病、乳腺疾病等病史的人，都应重视定期的妇科检查，出现症状及时接受诊断。卵巢囊肿发现得越早，越有利于治疗。

一旦发现囊肿，为了诊断是否属于疾病症，医生可用超声波扫描探测囊肿里是否只含液体或含有液体和固体的混合物。混合体是疾病细胞存在的征兆。医生会仔细地观察和记录囊肿的位置、体积等详情，以便下一回月经过后再次检测时作参考和比较之用。如果是功能性囊肿，再度检查时囊肿可能缩小或消失。如果囊肿没有消失或反而变得疼痛，就有必要作CA125血清检测，以测量患者血液里的蛋白质含量，作为是否患有疾病症的指标（tumor marker test）。

如果囊肿是良性（非疾病症）的、而且超声波与血清CA125检验结果都正常，就可采用腹腔镜（laparoscopy）作进一步的检验。

如果囊肿太大就必须用传统剖腹手术（laparotomy）予以切除。手术是在全身麻醉的情况下，在腹部开孔进行的。囊肿切除之后立刻在手术室里进行冷冻切片显微化验，以确定囊肿是属良性或恶性。若属良性，将去除囊肿后的卵巢缝合好，也就大功告成。若属恶性，就须进一步将卵巢甚至子宫切除。